João Cidade Duarte nasceu no dia 08 de março de 1495 em Montemor-o-novo, perto de Évora, Portugal. Seu pai era vendedor de frutas na rua. Da sua infância sabemos apenas que, João, aos oito ou fugiu ou foi raptado por um viajante, que se hospedou em sua casa. Depois de vinte dias, sua mãe não resistiu e morreu. O pai acabou seus dias no convento dos franciscanos, que o acolheram.
Enquanto isso, João foi à pé para a Espanha rumo à cidade de Madrid, junto com mendigos e sanltimbancos. Nos arredores de Toledo, o viajante o deixou aos cuidados de um bom homem, Francisco Majoral, administrador dos rebanhos do Conde de Oropesa, conhecido por sua caridade. Foi nessa época que ganhou o apelido de João de Deus, porque ninguém sabia direito quem era ou de onde vinha.
Por seis anos Francisco o educou como um filho, ao lado de sua pequenina filha. Dos catorze anos até os vinte e oito João trabalhou e viveu como um pastor. E quando Francisco decidiu casa-lo com sua filha, de novo ele fugiu, começando sua vida errante.
Alistou-se como soldado de Carlos V e participou da batalha de Paiva, contra Francisco I. Vitorioso, abandonou os campos de batalha e ganhou o mundo. Viajou por toda a Europa, foi para a África, trabalhou como vendedor ambulante em Gibraltar. Então, qual filho pródigo, voltou à sua cidade natal, onde ninguém o reconheceu, pois os pais já tinham falecido; novamente rumou à Espanha, onde abriu uma livraria em Granada.
Nessa cidade, em 1538, depois de ter ouvido um inflamado sermão proferido por João d’Ávila, que a Igreja também canonizou, arrependido dos seus pecados e tocado pela graça, saiu correndo da igreja, e gritou: “misericórdia, Senhor, misericórdia”. Todos riram dele, mas João de Deus não se importou. Distribuiu todos os seus bens aos pobres e começou a fazer rigorosas penitências. Tomado por louco foi internado num hospital psiquiátrico, onde foi tratado desumanamente. Depois de ter experimentado todas as crueldades que aí se praticavam e orientado por João d’Ávila decidiu fundar uma casa-hospitalar, para tratar os loucos. Criou assim uma nova Ordem religiosa, a dos Irmãos Hospitaleiros.
Ao todo foram mais de oitenta casas-hospitalares fundadas, para abrigar loucos e doentes terminais. Para cuidar deles, usava um processo todo seu, sendo considerado o precursor do método psicanalítico e psicossomático, inventado quatro séculos depois por Freud e seus discípulos. João de Deus, que nunca se formou em medicina, curava os doentes mentais utilizando a fé e sua própria experiência. Partia do princípio de que curando a alma, meio caminho havia sido trilhado para curar o corpo. Ele sentia a dualidade da situação do doente, por tê-la vivenciado dessa maneira. João de Deus sentia-se pertencer ao mundo dos loucos e ao mundo dos pecadores e indignos e, por isso, se motivou a trabalhar na dignificação, reabilitação e inserção de ambas as categorias. Um modelo de empatia e convicções profundas tão em falta, que várias instituições seguiram sua orientação nesse sentido, tempos depois e ainda hoje.
Depois, João de Deus e seus discípulos passaram a atender todos os tipos de enfermos. Seu mote era: “fazei o bem, irmãos, para o bem de vós mesmos”. Ele morreu no mesmo dia em que nasceu, aos cinquenta e cinco anos, no dia 8 de março de 1550. Foi canonizado pelo Papa Leão XIII que o proclamou padroeiro dos hospitais, dos doentes e de todos aqueles que trabalham pela cura dos enfermos.
Hoje a Ordem Hospitaleira São João de Deus, é um instituto religioso, internacional, com sede em Roma, composto de homens que por amor a Deus se consagram à hospitalidade misericordiosa para com os doentes e necessitados em quarenta e cinco países dos cinco continentes.
A Igreja também celebra hoje a memória dos santos: Herênia e Filêmon.